بر طبق نوشته تاريخ جديد يزد، اين مقام که امروز مسجد است، کاروانسراي خراب بود و مقبره اي در جنب آن. مرتضي اعظم سعيد امير معين الدين اشرف که از اعاظم سادات عريضي بود، بخريد و صفه و گنبد و مقصوره بر آنها نهاد و جماعت خانه بساخت... و در زمان پسر ابو سعيد طبسي، درگاه اين مسجد خراب شد. خواجه توکل قزويني، آن درگاه و گنبد درگاه راست کرد. در سنه ثمان و تسعين و سبعمائه (798ه.ق) و بعد از آن، خواجه فخر الدين ابر قوهي، گنبدي به پيش صفه نهاد و منبر در اندرون گنبد نهاد و جماعت خانه عمارت کرد. و در سال اربعين و ثما نمائه (840ه.ق)، حاجي خواجه جان تبريزي، سه هزار دينار تبريزي وصيت کرد به خير جاريه کنند. يک هزار دينار به خرج پاياب و جماعت خانه کردند و تمام آب را در مسجد جاري کردند و در سنه ستين و ثما نمائه (860ه.ق) به واسطه سيل، گنبد خانه و بعضي از جماعت خانه منهدم شد و مدت شش ماه خراب بود و باز به حال عمارت آوردند و اقامت جمعه مي کنند. همچنين به توجه به نوشته هاي متاخرتر، در سال 1251ه.ق، حاجي کاظم نامي مشهور به کلاهدوز، بخشي از زمين مسجد و دکانهاي جانب جنوبي را به شبستان در غايت تکليف تبديل کرد. با توجه به تاريخچه ذکر شده و تفسير و تحولات دوره هاي ديگري که در اين تاريخچه ذکر نشده است، بناي کنوني مسجد در طي زمان متحمل تغييرات زيادي شده است. بناي کنوني مسجد مشتمل بر درگاه ورودي، صحن باريک و بلند، ايوان جنوبي، گنبد خانه، شبستان کوچک و شبستان بزرگ ستوندار و رواقهاي دو طبقه اي است که در اضلاع صحن قرار گرفته اند. درگاه ورودي که در چهار سوي بازار واقع شده، داراي کتيبه تاريخي و دري چوبي و کنده کاري است. کتيبه تاريخي سردر به خط ثلث از کاشي معرق، آسيبهايي متحمل شده است:" بني هذه المسجد الشريف و المنار المنيف في ايام خلاقه سلطان السلاطين المتوکل علي الله المنان{يک کلمه ريخته}{الم}ظفر بهادر خان خلد الله ظلال عد الله العبد الواثق بلطايف{ ريختگي}". متاسفانه به علت آسيبهاي وارد شده، تاريخ دقيق ساختمان و نام پادشاه وقت و باني مشخص نيست. در ورودي، آلت سازي و کنده کاري شده و بر دو لنگه آن، عباراتي به خط نسخ خوش نقر شده است:" لا اله الله محمد رسول الله وقف کرد بنده درگاه صمد خواجه حاجي احمد سياوشاني""علي والله حقا حقا اين در را بر مسجد سرريگ خالصا مخلصا لوجه الله في شهر ذي الحجه رقم شد سنه 1038". بعد از ورود به مسجد، صحني مستطيل شکل، باريک و بلند قرار دارد که در ضلع جنوبي آن، ايواني مرتفع و در ديگر اضلاع، رواقهاي دو طبقه اي قرار دارد که از طريق دهنه ها، شبستانهاي پشت سر خود را روشن مي سازند. در وسط صحن، حوض عميقي ساخته اند. در ضلع خلفي ايوان مسجد، ورودي گنبدخانه و بر بالاي ورودي، غرفه يا دهانه بزرگي قرار گرفته است. گنبدخانه با طرح چهار ضلعي داراي طاقنماهاي کم عمقي در هر ضلع است که تا منطقه هشت ضلعي انتقالي بالا رفته اند. فيلپوشهاي گنبد، دو طاقي است. ميان فيلپوشها و طاقنماها، سه کنج هايي قرار گرفته که به صورت دو رديف مقرنس در آمده اند. اين سه کنجها به وسيله يک قوس مسطح که روي فيلپوشهاي گوشه اي قرار گرفته، به هم پيوند مي يابند. در ضلع جنوبي گنبد خانه، طاقنماي عميق محراب به صورت نيم بند هشت ضلعي قرار گرفته است. ازاره محراب، از کاشيهاي شش ضلعي آبي روشن با حاشيه اي از معرق سياه و سفيد است و در بدنه آن، لوحي سنگي به ابعاد 51*78 سانتي متر نصب کرده و بر آن، آيات و عباراتي نوشته اند. اين لوح در مقايسه با نمونه هاي مشابه در ديگر بناها و محوطه هاي باستاني يزد، سنگ قبري از قرن هشتم هجري است. پوشش طاقنماي محراب، مقرنس گچي است. در ضلع غربي گنبدخانه، شبستان کوچک دو دهانه اي قرار دارد که در آنجا نيز محرابي با مقرنس گچي و کاشيکاري تعبيه کرده اند. ازاره کاشيکاري اين محراب، در اطراف از کاشي شش ضلعي آبي رنگ و در وسط محراب، نمايي از کاشي معرق قرن نهم هجري است. در جانب شرقي گنبدخانه، شبستان بزرگ ستونداري با 50 جرز قطور مربع شکل قرار دارد که بر روي آنها پوشش طاق و گنبد اجرا شده است. محراب اين شبستان نيز داراي پوشش مقرنس گچي و لوح مرمري به ابعاد 85*115 سانتي متر است که بر آن به خط نسخ و نستعليق، عباراتي قرآني و ديني، نقوش گياهي، نام استاد کار آن- ملک علي طهراني- و تاريخ 1251ه.ق را کنده کاري کرده اند. شبستان مذکور، بنايي است که در دوره قاجاريه به مسجد کهن الحاق گرديده است.
اين مقام كه امروز مسجد است كاروانسراي خراب بود و مقبره‎اي در جنب آن، مرتضي اعظم سعيد امير معين‎الدين اشرف كه از اعاظم سادات و عريضي بود بخريد و صفّه و گنبد و مقصوره برآن نهاد و جماعتخانه بساخت، و نهري از آب جديده برآن جاري كرد، و دكاني چند متقارب آن بر آن وقف كرد، و خيرات و مبرات او بسيار است .
و دختر مرتضي اعظم سعيد شمس‎الدين محمدبن قاضي ركن الدين در حبالة او بود و سه پسر از او متولد شده: يكي نامير ركن‎الدين شاه حسن، و يكي شرف‎الدين حسين، و يكي كمال‎الدين شاه علي.
وامير ركن‎الدين شاه حسن وزير با استقلال پادشاه جلال‎الدين شاه شجاع بود و تمام قضاياي امور در كف كفايت او بود و دشمنان بروي حسد بردند و او را متهم گردانيدند و شهيد كردند در سا ثلثين وسبعمائه.
ودر زمان پسر ابوسعيد طبسي درگاه اين مسجد خراب شد. خواجه توكل قزويني آن درگاه و گنبد درگاه راست كرد.
ودرسنة ثمان و تسعين وسبعمائه و بعد از آن خواجه فخرالدين ابرقوهي گنبدي به پيش صفّه نهاد و منبر در اندرون گنبد نهاد و جماعتخانه عمارت كرد.
ودر سال اربعين و ثمانمائه حاجي خواجه‎جان تبريزي سه هزار دينار تبريزي وصيت كرد كه به خير جاريه كنند. يك هزار دينار به خرج پاياب وجماعتخانه كردند و تمام آب را در مسجد جاري كردند.
ودر سنة ستين و ثمانمائه بواسطة سيلاب گنبد خانه و بعضي از جماعتخانه منهدم شد و مدت شش ماه خراب بود و باز به حال عمارت آوردند و اقامت جمعه مي‎كنند

تاريخ جديد يزد ص117-116